Þorleifur og Ragnheiður, einkum þó hún, hneigðust til spíritisma, og mun dauði Bjarna sonar þeirra hafa átt þar þátt í. Á unglingsárum Jóns sóttu þau miðilsfundi með Jóhönnu Linnet miðli, og einnig héldu þau slíka fundi á heimili sínu. Jón tók þátt í þessum fundum og hreifst hann mjög af því sem hann sá og heyrði. Eftir fyrsta fundinn, sem hann sótti, skrifar hann: „Nú hefi ég kynst merkilegasta málefni heimsins, nei, tilverunnar, merkilegasta málefni alheimstilverunnar, Spiritulismanun." Jón bætir því síðan við, að þetta hafi verið „merkilegasta stund ævi minnar".
En Jón lét ekki við það sitja að sækja miðilsfundi því að hann gerði upp á eigin spýtur ýmsar tilraunir til þess að ná sambandi við „lífið hinumegin" og nefnir Jón þær „Tilraunir til að sanna ódauðleik mannsins". Þá var hann á sextánda aldursári. Vinir Jóns, þeir Skúli V. Guðjónsson, Hendrik J. S. Ottósson og Jón S. Thoroddsen, tóku þátt í þessum tilraunum með honum, auk þess sem móðir hans og systur lögðu hönd á plóginn. Jón skráði niðurstöður tilraunanna með vísindalegri nákvæmni, en ljóst er að þær náðu ekki þeim tilgangi sem þeim upphaflega var ætlað.
Spíritisminn fylgdi Jóni fram eftir aldri þó að dofnað hafi verulega yfir þeirri trú hans, að hægt væri að sanna ódauðleik mannsins með vísindalegum tilraunum. Jón var að ýmsu leyti bráðger unglingur. Hugur hans stóð til hæða og hann velti fyrir sér tilgangi þess að lifa, eigingirni mannsins, og hvernig hægt væri að göfga anda sinn: Við erum hér til að þroskast andlega - andinn er ég - líkaminn er ekki ég - til þess lifum við að við göfgum anda vorn (til þess að við getum svo göfgað anda annara) – til þess og einskis annars lifum við.
Það var að kvöldi 5. mars 1916, að afloknum tónleikum Páls ísólfssonar í Reykjavík, að Jón tilkynnti foreldrum sínum að hann væri hættur í skólanum. Nóttin varð honum erfið, og daginn eftir skrópaði hann í skólanum en sat þess í stað við píanóið heima hjá sér og æfði sig af krafti. Síðar þann sama dag kom móðir hans með þau boð til Jóns, að hún og faðir hans vildu gera við hann samning. Samningurinn fólst í því, að ef Jón myndi ljúka góðu prófi úr 4. bekk frá menntaskólanum þá um vorið fengi hann að fara utan til náms. „Þá var sigurinn unninn."
Jón lauk prófinu um vorið og undirbúningur ferðarinnar út í hinn stóra heim hófst. Jón fýsti að fara til Þýskalands til náms, „í þann mikla helgidóm, listanna land", en þangað var löng leið og ekki auðvelt að komast vegna stríðsins. Páll ísólfsson hafði undanfarna vetur stundað orgelnám hjá Karli Straube við Tómasarkirkjuna í Leipzig, og var hann á leiðinni þangað aftur um haustið. Jón langaði til að verða honum samferða þangað en var hálfragur við að kynnast honum og segja honum frá tilgangi ferðar sinnar til Þýskalands. Svo fór þó, að þeir Jón og Páll ásamt Sigurði Þórðarsyni stigu á skipsfjöl þann 27. september 1916, og sigldu þeir með Botníu frá Reykjavík til Seyðisfjarðar og Leith og þaðan til Kaupmannahafnar. Í Kaupmannahöfn öfluðu þeir félagar sér heimilda til dvalar í Þýskalandi, og til Leipzig komu þeir heilu og höldnu þann 15. október. Nýr kafli var hafinn í lífi Jóns Leifs.
Þegar Jón kom til náms í Þýskalandi var fyrri heimsstyrjöldin í algleymingi. Mikillar ólgu gætti á meðal þjóðarinnar vegna stríðsrekstursins, og uppþot og verkföll voru tíð. Matvæli voru af skornum skammti, einkum fannst Jóni skorta feitmeti og sápu, og það sem fékkst var oft dýrara en svo, að fátækur námsmaður ofan af Íslandi gæti keypt það. Peningasendingarnar frá foreldrum Jóns dugðu honum vart til nauðsynlegustu framfærslu, en matvælasendingar með smjöri, riklingi og ýmsu öðru góðgæti riðu oft baggamuninn.
Draumur Jóns um að fá fast starf á Íslandi rættist ekki fyrr en í febrúar 1935, en þá var hann ráðinn tónlistarstjóri Ríkisútvarpsins. Hann flutti þá heim til móður sinnar, en Annie og dæturnar tvær urðu eftir í Þýskalandi og bjuggu þær í Rehbrücke nálægt Berlín. Jón hafði mjög ákveðnar og skýrar hugmyndir um hlutverk útvarpsins í íslensku þjóðlífi, en honum veittist erfitt að koma þeim hugmyndum í framkvæmd vegna skilningsleysis yfirboðara sinna. Svo fór að lokum, að hann hætti störfum hjá Ríkisútvarpinu 1937 og fluttist þá aftur til fjölskyldu sinnar í Þýskalandi. Þá var svo komið í Þýskalandi, að enginn gyðingur gat talið sig þar óhultan vegna ofsókna nasista en Jón taldi, að þar sem hann væri íslenskur ríkisborgari gæti hann veitt fjölskyldu sinni vernd fyrir þeim ofsóknum. Í október 1938 hertóku nasistar Súdetaland og flýðu þá tengdaforeldrar Jóns til Prag. Eignir þeirra hefðu væntanlega verið gerðar upptækar ef Jóni hefði ekki tekist að fá þær skráðar á sitt nafn.Nokkrum mánuðum síðar hertóku Þjóðverjar Tékkóslóvakíu og voru þá gyðingum þar í landi allar undankomuleiðir lokaðar. Tengdamóðir Jóns lenti í fangabúðum nasista og var myrt þar, en tengdafaðir hans dó náttúrulegum dauðdaga áður en kom til þess að hann væri sendur í útrýmingabúðir.
Jón Leifs lést þann 30. júlí 1968. Hann var þá sextíu og níu ára gamall. Jarðarför hans var gerð frá Dómkirkjunni þann 7. ágúst og voru jarðneskar leifar hans bornar til moldar í Fossvogskirkjugarði