Hafnarfjörður var í landnámi Ásbjarnar Özurarsonar, bróðursonar Ingólfs Arnarsonar. Hafnarfjörður er fyrst nefndur í Hauksbók Landnámu, þar sem segir frá brottför Hrafna-Flóka og samferðamanna hans frá Íslandi. Frá upphafi landnáms á Íslandi og fram til upphafs 15. aldar kemur staðurinn annars lítið sem ekkert við sögu.
Vegna góðra hafnarskilyrða frá náttúrunnar hendi varð Hafnarfjörður ein helsta verslunar- og fiskveiðihöfn landsins frá og með upphafi 15. aldar, eftir því sem skreið tók við af vaðmál sem eftirsóttasta útflutningsvara Íslendinga. Í upphafi 15. aldar hófu Englendingar fiskveiðar og verslun við Ísland. Árið 1413 kom fyrsta enska kaupskipið að landi sem sögur fara af við Hafnarfjörð. Íslendingar tóku ensku kaupmönnunum vel, en Danakonungur reyndi að koma í veg fyrir verslun Englendinga við Ísland og þess vegna kom oft til átaka milli Englendinga og sendimanna Danakonungs. Eftir því sem árin liðu urðu Englendingarnir ekki eins vel liðnir vegna yfirgangs. Einnig áttu þeir til að ræna skreið frá Íslendingum.
Um 1468 hófu þýskir Hansakaupmenn siglingar til Íslands frá Bergen í Noregi. Næstu tvo áratugina var hörð samkeppni á milli Englendinga og Hansakaupmanna, sem leiddist oft út í slagsmál og bardaga. Þýsku kaupmennirnir höfðu betur að lokum. Þeir gátu boðið ódýrari og fjölbreyttari vöru heldur en Englendingarnir. Á 16. öld var Hafnarfjörður orðinn aðalhöfn Hamborgarmanna á Íslandi.
Um miðja öldina reyndu Danakonungar enn að koma í veg fyrir verslun Þjóðverja á Íslandi og koma versluninni í hendur danskra kaupmanna. Árið 1602 gaf Kristján 4. Danakonungur út tilskipun um einokunarverslun og þar með varð úti um verslunarsamband milli Íslands og Þýskalands.
Á fyrri hluta einokunartímabilsins var Hafnarfjörður helsti verslunarstaður á Íslandi. Frá 1602-1774 var verslunin í höndum danskra kaupmanna og verslunarfélaga, en árið 1774 tók konungurinn við versluninni. Árið 1787 voru eignir konungsverslunarinnar seldar starfsmönnum hennar. Þá myndaðist vísir að samkeppni í verslunarrekstri þegar lausakaupmenn fóru að keppa við arftaka konungsverslunarinnar. Ekkert varð þó meira úr þessari samkeppni, þar sem dönsku kaupmennirnir höfðu yfirhöndina. Árið 1795 kærðu bændur dönsku kaupmennina fyrir of hátt verð á innfluttum vörum og kröfðust þess að verslun yrði gefin algerlega frjáls.
Árið 1794 keypti Bjarni Sívertsen verslunarhús konungsverslunarinnar. Hann gerðist brátt umsvifamikill kaupmaður og útgerðarmaður. Hann keypti gamlar bújarðir í landi Hafnarfjarðar og kom upp skipasmíðastöð. Bjarni varð einn af fyrstu Íslendingunum til að fá verslunarleyfi eftir að danska einokunarverslunin var lögð niður. Vegna umsvifa sinna í Hafnarfirði hefur hann oft verið nefndur faðir Hafnarfjarðar.
Frá árinu 1787 til 1908 voru flestir kaupmenn í Hafnarfirði danskir. Einn norskur kaupmaður var þar, Hans Wingaard Friis frá Álasundi í Noregi og hann búsettist í Hafnarfirði. Í upphafi tuttugustu aldar fór íslenskum kaupmönnum hins vegar að fjölga, en þeim dönsku fór fækkandi að sama skapi.
Hafnarfjörður er bær á höfuðborgarsvæðinu. Þar bjuggu 27.870 manns 1. janúar árið 2015 og hefur bærinn vaxið gríðarlega á síðustu árum og áratugum líkt og önnur sveitarfélög á höfuðborgarsvæðinu hafa gert. Höfnin sem bærinn er kenndur við var ein stærsta verslunarhöfn landsins allt frá 16. öld og mikil útgerð hefur verið stunduð þaðan í sögunni. Á 18. öld var rætt um að gera Hafnarfjörð að höfuðstað Íslands, en slæm samgönguskilyrði þangað, lítil mótekja og lítið undirlendi urðu helstu ástæður þess að Reykjavík varð ofan á í valinu. 29. febrúar 2008 náði íbúafjöldi Hafnarfjarðar upp í 25.000 manns, og gaf bæjarstjórinn Lúðvík Geirsson 25 þúsundasta Hafnfirðinginum gjöf og heiðursskjal.
Hafnarfjörður heyrði undir Álftaneshrepp framan af en eftir skiptingu hans árið 1878 varð bærinn hluti hins nýmyndaða Garðahrepps. Hinn 1. júní 1908 fékk Hafnarfjörður kaupstaðarréttindi og varð þá að sjálfstæðu bæjarfélagi. Íbúar voru þá orðnir 1469 talsins.
Skammt sunnan Hafnarfjarðarbæjar er Straumsvík þar sem Alcan á Íslandi rekur álver. Þann 31. mars, árið 2007 fóru fram íbúakosningar um stækkun álversins í Hafnarfirði. Stækkunin var felld með aðeins 88 atkvæðum.
Fyrsta almenningsrafveitan á Íslandi var sett upp 12. desember 1904 í Hafnarfirði af Jóhannesi Reykdal, veitan liggur í gegnum Hamarskotslæk. Hann er líka einn mesti gufustaður landsins.
Upphaflega var Hafnarfjörður hluti af Álftaneshreppi. Hafnarfjörður hafði þá sérstöðu miðað við aðra staði í hreppnum að aðalatvinnuvegur þar var sjávarútvegur, en ekki landbúnaður. Vegna þessarar sérstöðu var vilji til þess að gera Hafnarfjörð að sérstöku sveitarfélagi og kom hugmyndin fyrst fram opinberlega árið 1876.
Árið 1878 var haldinn hreppsnefndarfundur í Álftaneshreppi, þar sem samþykkt var að skipta hreppnum í þrennt: Álftaneshrepp, Garðahrepp og Hafnarfjörð. Gengi það ekki var ákveðið að hreppnum yrði skipt í tvennt: Bessastaðahrepp og Garðahrepp. Seinni tillagan var samþykkt og varð Hafnarfjörður því hluti af Garðahreppi.
Aftur var reynt að fá kaupstaðarréttindi árið 1890. Á fundi hreppsnefndar Garðahrepps í júní það ár var kosin nefnd til að ræða um kaupstaðarréttindi Hafnarfjarðar. Nefndin hélt fund 27. febrúar 1891, þar sem kosið var um skiptingu hreppsins, en meirihluti fundarmanna var andvígur skiptingunni. Var málið því látið niður falla og lá það niðri næstu árin vegna erfiðra tíma í Hafnarfirði.
Næst var hreyft við málinu árið 1903. Í mars það ár komu nokkrir íbúar í Hafnarfirði því til leiðar að frumvarp var lagt fram á Alþingi til laga um kaupstaðarréttindi Hafnarfjarðar. Í frumvarpinu var m.a. gert ráð fyrir því að bæjarfógetinn í Hafnarfirði yrði jafnframt bæjarstjóri og laun hans yrðu greidd úr landssjóði. Frumvarpið var fellt í atkvæðagreiðslu á Alþingi. Það var lagt fram aftur á Alþingi árið 1905, en aftur fellt í atkvæðagreiðslu. Hins vegar afgreiddi Alþingi frumvörp sem gáfu kauptúnum meiri sjálfstjórn en áður, en þau gengu ekki nógu langt til að Hafnfirðingar yrðu ánægðir.
Enn var því komið til leiðar að frumvarp um kaupstaðarréttindi Hafnarfjarðar var lagt fyrir Alþingi, nú árið 1907. Meðal breytinga frá fyrra frumvarpinu var sú að nú var gert ráð fyrir því að bæjarstjóri fengi greidd laun úr bæjarsjóði en ekki landssjóði. Þetta frumvarp var samþykkt sem lög nr. 75, 22. nóvember 1907 og tóku lögin gildi 1. júní 1908. Hafnarfjörður varð þar með fimmta bæjarfélagið á Íslandi sem fékk kaupstaðarréttindi
