Hinn forni Sigluneshreppur náði yfir bæði Siglufjörð og Héðinsfjörð og samsvaraði landnámi Þormóðs ramma. Var hann kenndur við bæinn Siglunes, sem framan af var höfuðból sveitarinnar og síðar kirkjustaður og mikil verstöð. Árið 1614 var ný kirkja reist á Hvanneyri við Siglufjörð, en nafnið Hvanneyrarhreppur mun ekki hafa verið tekið upp fyrr en á 18. öld. Verslun hófst í hreppnum 1788 og Siglufjörður varð að löggiltum verslunarstað árið 1818. Þá var 161 íbúi í hreppnum, þar af 8 í kaupstaðnum. Einni öld síðar, árið 1918, fékk Hvanneyrarhreppur kaupstaðarréttindi og hét eftir það Siglufjarðarkaupstaður.
Fjörðurinn er lítill og þröngur, umlukinn háum og bröttum fjöllum. Þar er mjög góð höfn frá náttúrunnar hendi en undirlendi lítið, nema inn af botni fjarðarins og á Hvanneyrinni vestan hans, og þrengdist því fljótt að byggðinni þegar fólki fjölgaði. Snjóflóðahætta er víða mikil í firðinum og 12. apríl 1919 fórust 9 manns í snjóflóði í ofurlitlu þorpi sem þá var risið austan fjarðarins og um sama leyti 7 í Engidal, sem er vestan Siglufjarðar en í Hvanneyrarhreppi, og 2 í Héðinsfirði, auk þess sem mörg mannvirki eyðilögðust, þar á meðal fyrsta stóra fiskimjölsverksmiðja á Íslandi. Alls fórust því 18 manns í hreppnum í þessari snjóflóðahrinu.
Í bænum bjuggu 1219 manns árið 2015, sem er mikil fækkun frá blómaskeiði bæjarins á fjórða og fimmta áratugnum. Árið 1950 bjuggu 3100 manns á Siglufirði og var það þá fimmti stærsti kaupstaður landsins, auk þess sem fjöldi aðkomumanna kom þangað til vinnu um stundarsakir og í brælum þegar ekki gaf til veiða lágu tugir eða jafnvel hundruð skipa á firðinum. Þetta blómaskeið Siglufjarðar var afleiðing mikilla síldveiða fyrir Norðurlandi sem hófust árið 1903. Það voru Norðmenn sem hófu veiðarnar en fljótlega fóru Íslendingar sjálfir að veiða síldina og þá varð Siglufjörður helsti síldarbærinn vegna góðrar hafnaraðstöðu og nálægðar við miðin. Þar voru nokkrar síldarbræðslur, þar á meðal sú stærsta á landinu, og yfir 20 söltunarstöðvar þegar best lét.
Herring2.jpg
Á síldarárunum, eins og þau urðu síðar kölluð, var mikið um að vera á Siglufirði og oft mikið um farandverkafólk sem vann í törnum og fékk vel greitt fyrir miðað við það sem annars staðar fékkst, sem varð til þess að Siglufjörður var stundum kallaður Klondike Íslands. Sum árin var verðmæti síldarútflutnings frá Siglufirði yfir 20% af öllum útflutningi Íslendinga. Siglfirðingar minnast þessa tímabils enn í dag, því í bænum er starfandi Síldarminjasafn og árlega er haldin „Síldarævintýrið á Sigló“ um verslunarmannahelgi. Áður en síldin kom til sögunnar hafði Siglufjörður einkum verið þekktur fyrir hákarlaveiðar en þar var mikil hákarlaútgerð.
Halla fór undan fæti á sjötta áratugnum, þegar síldin brást mörg ár í röð og íbúum fækkaði. Afli jókst aftur en árið 1964 hvarf síldin af norðlenskum miðum og 1968 alveg af Íslandsmiðum. Allöflug togaraútgerð hófst frá Siglufirði upp úr 1970, auk þess sem loðnubræðsla var stunduð í gömlu síldarbræðslunni og seinna kom rækjuvinnsla til sögunnar. Þó hefur íbúum fækkað jafnt og þétt en heldur hefur hægt á fækkuninni á síðustu árum.
Í janúar 2006 samþykktu Siglfirðingar og Ólafsfirðingar í kosningum að sameina bæjarfélögin tvö. Sameiningin gekk í gildi 11. júní 2006 að afloknum sveitarstjórnarkosningum 27. maí. Í kosningu um nafn á sameinað sveitarfélag varð tillagan „Fjallabyggð“ ofan á.