Foreldrar hans voru Konráð Már Eggertsson bóndi og hreppstjóri á Haukagili í Vatnsdal, f. 17. nóvember 1911, d. 15. júlí 1995 og Lilja Halldórsdóttir Steinsen, f. 15. janúar 1923, d. 29. september 1997.
Þau hjón eignuðust fimm börn,
Eggert var elstur þeirra,
2) Guðrún Katrín, f. 10.1.1951, maður hennar Guðmundur Ingi Jónatansson f 17.5.1950, krnnari og ritsjóri Dalvík.
3) Ágústína Sigríður, f. 13.6.1954, maður hennar Halldór Sigurðsson bóndi Hjartarstöðum í Eiðaþinghá.
4) Inga Dóra, f. 13.10.1958, bankastarfsmaður Akureyri. M1 Jóhannes Júlíusson Fossdal f. 22.1.1960 – 20.11.1982. M2 Aðalsteinn Guðmundsson f. 11.9.1956 verslunarmaður.
5) Hólmfríður Margrét (Gréta) , f. 23.11.1963, maður hennar Andrés Emil Bjarnason f. 30.12.1952 verkstjóri Akureyri.
Auk þess bróðir sammæðra,
Sævar Örn Stefánsson, f. 5.4.1947 lögregluþjónn Hafnarfirði, faðir hans Stefán Jónsson f. 14.1.1923 – 3.4.2003 bóndi Fossi í Hrútafirði. M1 Guðbjörg Þorleifsdóttir f. 3.3.1952 Blönduósi, þau skildu. M2; Guðbjörg Lilja Oliversdóttir f. 2.4.1948 verslunarstjóri.
Fyrri kona Eggerts er Sóley Jónsdóttir, f. 24. september 1949. Þau skildu.
Börn Eggerts og Sóleyjar eru:
1) Lilja Margrét, f. 6. mars 1970, býr í Danmörku, börn hennar eru Svava Ýr, Sigurður Eggert, Silvía Ösp og Guðfinna Sól.
2) Harpa Björt, f. 23. mars 1971, býr á Haukagili, sambýlismaður Egill Herbertsson, f. 4. janúar 1964, börn þeirra eru Herbert Símon, Guðrún Kata og Sóley Adda.
3) María Hlín, f. 29. september 1972, býr á Akranesi, sambýlismaður Marteinn Sigurðsson, f. 4. desember 1973, hún á soninn Bjarka Aron og tvær fósturdætur, Valgerði Björk og Tönju Björk.
4) Heiðar Hrafn, f. 12. apríl 1976, býr í Kópavogi.
Eggert og Sóley slitu samvistum 1992.
Kona Eggerts frá 1995 er Torfhildur Rúna Gunnarsdóttir, f. 19. mars 1951.
Börn hennar og fyrri manns hennar, Harðar Sævars Haukssonar, eru:
1) Arnór Ingi, f. 16. september 1970, börn hans Eiríkur Grímar, Lísa Rán, Arna Inga og Ingi Ragnar.
2) Særún, f. 10. ágúst 1972, gift Davíð Torfa Ólafssyni, börn þeirra Gunnhildur Erla, Ástrós Gabríela og Daníel Steinn.
3) Haukur, f. 21. maí 1975, sambýliskona Agata Siek, hann á tvo syni, Margeir Þór og Kristófer Hörð.
4) Davíð, f. 13. október 1978, sambýliskona Svana Ósk Jónsdóttir. Þau eru öll búsett í Kópavogi.