Skóflustunga að núverandi Hólaneskirkju var tekin af sr. Pétri Þ. Ingjaldssyni árið 1979 en hann var sóknarprestur á Skagaströnd frá 1941 til ársins 1981. Bygging kirkjunnar stóð með nokkrum hléum fram til ársins 1991.
Kirkja hefur líklega verið á Skagaströnd frá því um 1200. Hún stóð við rætur Spákonufells ofan kauptúnsins og nefndist Spákonufellskirkja. Staðurinn er kenndur við Þórdísi spákonu sem þar bjó til forna og getið er um í nokkrum Íslendingasögum. Kirkjan var bændakirkja allt til ársins 1919 er hún komst í eigu safnaðarins. Síðasta kirkjan á Spákonufelli var timburkirkja sem byggð var 1852 og stóð til 1928. Kirkjugarður hefur frá upphafi kirkjuhalds verið á Spákonufelli.
Árið 1928 var ný kirkja vígð í kauptúninu sjálfu og nefndist hún Hólaneskirkja og dregur nafn af nesi því sem hún stendur rétt ofan við. Þessi kirkja var steinkirkja og teiknuð af Guðjóni Samúelssyni. Hún var sóknarkirkja Skagstrendinga til 1991 er ný kirkja hafði verið reist rétt framan við þá gömlu sem var þá rifin.