Eyrarbakkakirkja var vígð í desember 1890, en fram að því áttu Eyrbekkingar kirkjusókn í nágrannaþorpið Stokkseyri. Íbúar á Eyrarbakka voru 702 árið 1890 og var fólksfjölgunin ástæðan fyrir því að Stokkseyrarsókn var skipt í tvennt og ný kirkja reist á Eyrarbakka. Hún tekur 230 til 240 manns í sæti.

Kirkjan er teiknuð af Jóhanni Fr. Jónssyni, en hann var helsti trésmiður á Eyrarbakka á áratugnum 1880–90, en lést á meðan á byggingu kirkjunnar stóð.

Sögufrægasti gripur kirkjunnar er altaristaflan. Er það mynd af Jesú á tali við Samversku konuna við Jakobsbrunninn (Jóh. 4, 13-14) og stendur undir töflunni: „Hver sem drekkur af því vatni, sem ég mun gefa honum, hann mun aldrei að eilífu þyrsta.“ Tilurð hennar á sér sérstaka sögu. Séra Jón Björnsson sigldi m.a. í erindum kirkjubyggingarinnar til Kaupmannahafnar til þess að útvega kirkjuviðinn. Gekk hann þá einnig á fund konungs og drottningar. Hlaut hann þar svo góðar viðtökur, að Louise, drottning Kristjáns konungs IX., gaf kirkjunni altaristöflu, sem hún hafði sjálf málað og er nafn drottningar á töflunni og ártalið 1891. Drottning var listfeng í besta lagi og er kunnugt um altaristöflur eftir hana í þremur kirkjum í Danmörku; í kirkjunum í Gentofte, Klitmøller og Lundø.

Af öðrum merkum kirkjugripum má nefna kertastjaka úr Kaldaðarneskirkju, en kirkja þar var lögð niður árið 1902. Á þeim er ártalið 1780 og stafirnir E.S.S. Stjakarnir eru greinilega íslensk smíð og að öllu handunnir. Einnig er úr Kaldaðarneskirkju ljósakróna í kór kirkjunnar. Árið 1918 var sett upp stundaklukka í turn kirkjunnar sem slær á heilum og hálfum tíma. Hún var gjöf frá danska kaupmanninum Jakob A. Lefolii til minningar um margra áratuga verslun Lefolii-fjölskyldunnar á Eyrarbakka.

Skírnarfonturinn er gjöf safnaðarins á 60 ára afmæli kirkjunnar árið 1950. Hann gerði listamaðurinn Ríkharður Jónsson. Skírnarskálin sem Leifur Kaldal gullsmiður gerði var gefin kirkjunni til minningar um Þórdísi Símonardóttur ljósmóður á 100 ára fæðingarafmæli hennar.

Viðamiklar endurbætur og lagfæringar á Eyrarbakkakirkju hófust árið 1977 og var þeim lokið í árslok 1979. Nýtt íslenskt 11 radda pípuorgel eftir Björgvin Tómasson var tekið í notkun í kirkjunni á jólum 1995.